возникла в 1919 г., когда Бийское викариатство Томской епархии было преобразовано в епархию, а викарный еп. Бийский Иннокентий (Соколов) стал самостоятельным архиереем (ок. 1920 г. возведен в архиепископа). В 1922 г. архиеп. Иннокентий был арестован, в 1923 г. вновь арестован, находился в заключении в московской Бутырской тюрьме, после освобождения жил в Москве и Подмосковье без права выезда. В 1924 г. сщмч. Никита (Прибытков) назначен епископом Рубцовским, управляющим Б. и А. епархией. В 1927 г. ему удалось добиться от местных властей регистрации епархиального управления. С этого времени еп. Никита стал именоваться Бийским и Алтайским. В нач. 1931 г. он был арестован и этапирован в Барнаульскую тюрьму. В 1932-1937 гг. Б. и А. е. временно управляли Барнаульские епископы: в 1932 г.- сщмч. Герман (Коккель), в 1933-1936 гг.- архиеп. сщмч. Иаков (Маскаев), в 1937 г.- еп. Григорий (Козырев). После 1937 г. Барнаульская и Бийская кафедры не замещались. В 1943 г. территория бывш. Б. и А. е. вошла в Новосибирскую епархию, в 1994 г.- во вновь учрежденную Барнаульскую и Алтайскую епархию.
5 мая 2015 г. решением Свящ. Синода образована Бийская епархия путем выделения из состава Барнаульской епархии. Включена в состав Алтайской митрополии. Правящему архиерею Синод постановил иметь титул «Бийский и Белокурихинский».
Б. е. объединяет приходы в административных границах Бийского, Зонального, Красногорского, Солтонского, Алтайского, Быстроистокского, Петропавловского, Троицкого, Ельцовского, Целинного, Смоленского, Советского, Солонешенского районов Алтайского края. Кафедральный город - Бийск, кафедральный собор - в честь Успения Божией Матери в г. Бийске. Правящий архиерей - еп. Серапион (Дунай). Епархия разделена на 11 благочиний: благочиние г. Бийска, Троицкое, Ельцовское, Петропавловское, Смоленское, Алтайское, Советское, Белокурихинское, Бийское, Красногорское, Зональное. В ЕУ работают отделы: миссионерский, по взаимодействию с пенитенциарными учреждениями, по взаимодействию с вооруженными силами и правоохранительными органами, по социальному служению и церковной благотворительности, по работе с молодёжью, по сбору материалов о подвижниках веры и благочестия, по взаимоотношениям Церкви с обществом и СМИ, реставрационно-строительный отдел, отдел по взаимодействию с казачеством, Паломнический Центр и отдел по взаимодействию со старообрядцами.
28 янв. 2008 г. по благословению еп. Барнаульского и Алтайского Максима (Дмитриева) в г. Бийске открыт Музей Алтайской Духовной Миссии.
Епархиальные СМИ: официальный сайт Бийской и Белокурихинской епархии (http://biyskaya-eparhia.ru), прилож. к газете "Наш Бийск" - "Бийские ЕВ".
В 1922-1935 гг. также существовала обновленческая Бийская кафедра.